Кандидат филологических наук, старший научный сотрудник Отдела новейшей русской литературы, участник Группы по изданию академического  Полного собрания сочинений и писем А. А. Блока, член редколлегии сборников «Александр Блок. Исследования и материалы», «Славянофильский архив». Директор и основатель издательства «Пушкинский Дом». С 2007 г. издательство выпустило в свет более 100 научных филологических книг.
Область научных интересов — история русской литературы конца XIX начала XX в., текстология, архивные разыскания.

Основные работы:

Письма З. Гиппиус к Б. Савинкову / вступит. ст., подгот. текстов, коммент. Е. И. Гончаровой // Русская литература. 2001. № 3. С. 126—162.

«Религиозная общественность» и террор: Письма Д. Мережковского и З. Гиппиус к Б. Савинкову (1908—1909) / вступит. ст., подгот. текстов, коммент. Е. И. Гончаровой // Русская литература. 2003. № 4. С. 140—161.

Гончарова Е. И. Савинков Борис Викторович // Русская литература ХХ века. Прозаики, поэты, драматурги: биобибл. словарь. М., 2005. Т. 3. С. 249—252.

«Заграничные связи нам  тоже слишком дороги»: письма З. Гиппиус, Д. Мережковского, Д. Философова к Б. Савинкову. 1912—1913 годы / вступит. ст., подгот. текстов, коммент. Е. И. Гончаровой  // Русская литература. 2006. № 1. С. 192—218; № 2. С. 160—174.

Гончарова Е. И. Контуры жакерии (В. В. Розанов и Мережковские) // Русская литература. 2006. № 4. С. 114—131.

Гончарова Е. И. Савинков Борис Викторович // Русские писатели 1800—1917: биогр. словарь. М., 2007. Т. 5. С. 432—435.

«Революционное христовство»: Письма Мережковских к Борису Савинкову // вступит. ст., сост., подгот. текстов Е. И. Гончаровой. СПб., 2009. С. 448.

Гончарова Е. И. «Запомнить все, отметить и  сберечь…» (Надежда Павлович об Александре Блоке // Александр Блок. Исследования и материалы. СПб., 2011. <Т. 4>. С. 276—308.

Гончарова Е. И. Лицедей террора (писательская маска Бориса Савинкова) // Вестник Санкт-Петербургского государственного университета технологии дизайна. 2013. № 2. С. 46—52.

Гончарова Е. И. А. Блок и В. Розанов (к истории и взаимоотношений)  / Александр Блок. Исследования и материалы.  СПб.,  2015. <Т. 5>. С. 76— 102.

«В. В. Розанов и “Новый путь” (Письма к П. П. Перцову)» / вступит. ст., подгот. текстов, коммент. Е. И. Гончаровой // Русская литература. 2015. № 3. С. 128—153.

Гончарова Е. И. Надежда Павлович между Саровом и Оптиной: история создания поэмы «Серафим» // Христианство и русская литература: Сборник восьмой. СПб., 2017. С.  232—258.

Павлович Н. А. Серафим. Поэма (Публикация Е. И. Гончаровой) // Христианство и русская литература: Сборник восьмой. СПб., 2017. С. 259—274.

Под «колесом» истории: переписка В. В. Розанова и П. П. Перцова 1917 года / вступит. ст., подготовка текстов и коммент. Е. И. Гончаровой) // Русская литература. 2017. № 3. С. 36—67.

Литературные манифесты и декларации русского модернизма / отв. ред. Ю. К. Герасимов и Е. И. Гончарова. СПб., 2017. 952 с.

«Скромная ученица» и «великий посвященный»: письма Н. А. Павлович к Андрею Белому / вступит. ст., подготовка текстов и коммент. Е. И. Гончаровой) // Русская литература. 2018. № 4. С. 132—150.

Гончарова Е. И. Историософские диалоги В. Розанова и П. Перцова (по материалам архивной переписки) // Русский логос-2: Модерн — границы контроля. СПб., 2019. С. 425—428.

На развалинах бытия (В. В. Розанов и П. П. Перцов в последний год переписки) / вступит. ст. подготовка текстов и коммент. Е. И. Гончаровой) // Русская литература. 2019. № 4. С. 113—134.

Гончарова Е. И. П. П. Перцов и газета «Новое время» (Новый аспект творческой биографии) // Соловьевские исследования. 2020. № 3. С. 157—169.

Переписка П. П. Перцова и А. С. Суворина / подгот. текста и коммент. Е. И. Гончаровой // Соловьевские исследования. 2020. № 3. С. 169—180.

Гончарова Е. И. Александр Блок и поэты «Пролеткульта» // Александр Блок: Исследования и материалы. СПб., 2020. [Т. 6]. С. 325—340.

Письма Н. А. Павлович к Блоку 1920—1921 гг. / Вступит. ст., публикация и комментарии Е. И. Гончаровой // Александр Блок: Исследования и материалы. СПб., 2020. [Т. 6]. С. 387—419.

Гончарова Е. И. Василий Розанов и Анатолий Александров (из переписки 1892 г.) // Словесность и история. 2020. № 3. С. 143-179.