Один из основателей Пушкинского Дома Б. Л. Модзалевский (1874–1928) считал его создание «лучшим способом ознаменования 100-летнего юбилея Пушкина». Прообразом будущего академического института стала Пушкинская выставка, развернутая в Императорской Академии наук в мае 1899 г. Она была создана усилиями вице-президента Академии Л. Н. Майкова (1839–1900) и выпускника С.-Петербургского университета Б. Л. Модзалевского. Им удалось собрать более 700 экспонатов (среди них – 93 пушкинских автографа), рассеянных по частным собраниям и различным учреждениям. По закрытии выставки экспонаты были возвращены владельцам, а средой, которая хранила и развивала идею постепенного собирания пушкинского наследия, стала академическая Комиссия по постройке памятника А. С. Пушкину в С.-Петербурге под председательством президента Императорской Академии наук вел. кн. Константина Константиновича (1858–1915). 15 декабря 1905 г. в ее заседании и было принято решение о создании Пушкинского Дома. «Чудный, памятный день в истории русской культуры! Сегодня решен “Дом Пушкина”. Поздравляю мыслящую Россию с этим громадным приобретением!..» – записал тогда в своем дневнике Вл. А. Рышков (1865–1938), секретарь Комиссии по постройке памятника А. С. Пушкину. 14 июля 1907 г. «Положение» о новом академическом учреждении, разработанное Б. Л. Модзалевским и Вл. А. Рышковым, было утверждено Николаем II. Его основные параграфы устанавливали следующее: «Пушкинский Дом учреждается в благоговейную память о великом русском поэте Александре Сергеевиче Пушкине для собирания всего, что касается Пушкина как писателя и человека… Пушкинский Дом предназначается также для хранения всего, что касается жизни и деятельности представителей русской изящной словесности… Пушкинский Дом составляет государственное достояние и находится в ведении Императорской Академии наук».
М. Д. Беляев (1884–1955) – один из первых сотрудников Пушкинского Дома, отмечал, что новое академическое учреждение начиналось «на пустопорожнем месте», когда «вокруг были старые, с заслуженной репутацией библиотеки, архивы и музеи». Поэтому его создатели сосредоточили свое преимущественное внимание, как и при устройстве Пушкинской выставки 1899 г., на архивах, библиотеках и реликвиях, находящихся в частных руках.
Первоначальный период формирования фондовых собраний Пушкинского Дома был ознаменован приобретением или получением в дар крупнейших коллекций историко-литературного и художественного значения, которые послужили основанием для его основных Отделений – Рукописного, Библиотечного и Музейного – и заложили прочную документальную и источниковую базу исследовательской и издательской деятельности.
Краеугольным камнем в основании Пушкинского Дома стала приобретенная в 1906 г. на средства государственной казны у внука Пушкина личная библиотека поэта. В 1910 г. был издан ее подробный каталог, подготовленный Б. Л. Модзалевским. Пушкинская библиотека положила начало не только книжным, но и рукописным собраниям Дома, так как при ее описании были обнаружены автографы Пушкина, письма и визитные карточки лиц его ближайшего окружения.
В 1908 г. состоялась командировка Б. Л. Модзалевского в Париж – для составления описи и научной оценки собрания А. Ф. Онегина (1845–1925), создателя и единственного хранителя Пушкинского музея, в котором сохранялись тысячи реликвий русской культуры. Весной 1909 г. был подписан договор, по которому Онегин уступал свой музей Императорской Академии наук, оставаясь его пожизненным хранителем. В 1922 г. этот договор был подтвержден, а в 1928 г. Онегинское собрание было перевезено из Франции в Пушкинский Дом.
В февральские дни 1917 г. сотрудники Пушкинского Дома вынесли из горящего здания Департамента полиции бесценный для истории русской культуры и общественной мысли архив III Отделения Собственной Е. И. В. канцелярии. Тогда же были спасены от разграбления и фактической ликвидации Пушкинский музей при Императорском Александровском лицее и Лермонтовский музей при Николаевском кавалерийском училище, бесценные коллекции которых практически в полном объеме были приняты на постоянное хранение в Пушкинский Дом.
В течение первых 25 лет целенаправленного собирательского труда, в немалой степени благодаря авторитету и безукоризненной репутации первых руководителей учреждения акад. Н. А. Котляревского (1863–1925) и чл.-корр. Б. Л. Модзалевского, Пушкинский Дом получил по завещанию и в дар, спас от уничтожения и распыления во время революций, Гражданской войны и разрухи, приобрел путем обмена и покупки более 600 рукописей Пушкина, архивные, книжные, мемориальные собрания П. А. Ефремова, П. А. Плетнева, вел. кн. Константина Константиновича, П. Я. Дашкова, Я. К. и К. Я. Гротов, И. А. Шляпкина, М. И. Семевского, М. М. Стасюлевича, М. Н. Лонгинова, А. Ф. Кони, П. В. Анненкова, А. В. Никитенко, Г. И. Успенского, В. М. Гаршина, Я. П. Полонского, А. Н. Майкова, Ф. И. Стравинского, Ф. К. Сологуба, К. Н. Бестужева-Рюмина, семейные архивы Осиповых–Вульфов–Вревских, Павлищевых, Раевских, кн. Волконских, Стасовых, Даргомыжских, Виельгорских, Боткиных, Полонских, Аксаковых, Голицыных и мн. др.
В 1922 г. Пушкинский Дом принял под свое научное руководство Пушкинский заповедник в Псковской губ., учрежденный в соответствии с декретом Совнаркома, и положил начало возрождению мемориальных усадеб в Михайловском и Тригорском (в 1934 г. заповедник был присоединен к Пушкинскому Дому).
В 1925 г. в ведение Пушкинского Дома передали последнюю квартиру А. С. Пушкина (наб. реки Мойки, д. 12), в которой был создан мемориальный музей.
С 1921 г., когда Академия наук получила б. дом кн. С. С. Абамелек-Лазарева (Миллионная ул., д. 22), Пушкинский Дом начал устраивать в нем регулярные выставки, на которых широко демонстрировал свои богатейшие историко-литературные и художественные коллекции (к 100-летию со дня рождения Ф. М. Достоевского, Н. А. Некрасова, А. А. Григорьева, к 125-летию со дня рождения Пушкина, «Русская художественная литература за революционные годы (1918–1923)», «Русские писатели в изданиях для детей», «Пушкин и его современники», «Книга Пушкина», «Столетие „Евгения Онегина“», «Сороковые годы в русской литературе» и др.). Там же проходили и открытые научные собрания Пушкинского Дома (в 1921–1928 гг. состоялось 100 заседаний), поэтические и литературные вечера, собиравшие от 100 до 500 человек.
Начало издательской деятельности нового академического учреждения положили два «Временника Пушкинского Дома» на 1913 и 1914 г., которые, по замыслу основателей, должны были выходить ежегодно к 29 января – дню памяти Пушкина. В 1920-е гг. была создана серия «Труды Пушкинского Дома», под грифом которой вводились в научный оборот новые документы, публиковались обзоры фондов и новых поступлений, материалы к биографиям писателей, путеводители по выставкам, организованным Пушкинским Домом.
В конце 1929 г. началось «академическое дело», его главный удар был направлен на учреждения, которыми руководил акад. С. Ф. Платонов (1860–1933) – Библиотеку Академии наук, Пушкинский Дом, Археографическую комиссию. По ложному обвинению в «незаконном хранении архивных документов» были арестованы и приговорены к ссылке и различным срокам лагерей сам С. Ф. Платонов и его ближайшие коллеги по Пушкинскому Дому – заведующий Рукописным отделением Н. В. Измайлов (1893–1981), заведующий Музеем М. Д. Беляев, ученый секретарь Б. И. Коплан (1898–1942), сотрудники Рукописного отдела и Музея П. И. Зиссерман (1888–1931), Н. А. Пыпин (1875–1942?), А. А. Достоевский (1863–1933). И. А. Кубасов (1875–1937), принявший после смерти Б. Л. Модзалевского должность старшего ученого хранителя Пушкинского Дома, был вынужден уйти на пенсию; основная часть сотрудников была уволена в ходе «академической чистки». Пушкинский Дом претерпел насильственную реорганизацию и временно лишился своего исторического имени (оно было восстановлено в названии Института в 1934 г.). Официально это объяснялось необходимостью преобразования академического учреждения «архивно-музейного типа» в исследовательский Институт новой русской литературы, хотя со второй половины 1920-х гг. Пушкинский Дом естественно эволюционировал в этом направлении и становился таким институтом не по названию, а по существу.
В 1937 г. Пушкинский Дом передал в Москву на Всесоюзную Пушкинскую выставку, организованную к 100-летию гибели поэта, значительную часть своих материалов: автографы Пушкина, документальные и изобразительные материалы, относящиеся к пушкинской эпохе. Они не были возвращены по окончании выставки, так как в соответствии с Постановлением Совнаркома СССР от 4 марта 1938 г. выставка была реорганизована в Государственный музей А. С. Пушкина (в ведении Института мировой литературы им. А. М. Горького АН СССР). Постановление «обязывало Академию наук СССР, Всесоюзный комитет по делам искусств, Центральное архивное управление, государственные музеи и другие учреждения и организации» передать в новый музей все имеющиеся у них материалы, связанные с жизнью и творчеством Пушкина. Перевоз в Москву пушкинских материалов и библиотеки поэта в полном объеме означал бы не только упразднение Пушкинского рукописного фонда – фундамента Рукописного отдела Пушкинского Дома, но и окончательную утрату «родового» имени Института. До начала Великой Отечественной войны эта передача не состоялась, новый Музей А. С. Пушкина ввиду отсутствия здания фактически не был открыт. 2 июня 1948 г., в преддверии 150-летия со дня рождения Пушкина, Президиум АН СССР принял распоряжение о передаче Институтом мировой литературы им. А. М. Горького в Институт русской литературы (Пушкинский Дом) «всех архивных и музейных фондов, принадлежащих Государственному музею А. С. Пушкина». Так произошло воссоединение Пушкинского архива, распылившегося после смерти поэта, и с этого времени автографы Пушкина, за редким исключением, хранятся в Институте русской литературы (Пушкинском Доме) РАН.
Во время Великой Отечественной войны Институт не прекращал своей деятельности. В июле 1942 г. оставшиеся в живых сотрудники были эвакуированы из блокадного Ленинграда  в Казань, куда удалось вывезти также часть Архива. Самые ценные рукописные и музейные материалы, включая автографы и мемориальные вещи Пушкина, Лермонтова, Гоголя, Достоевского, Тургенева, Л. Толстого, Чехова, еще в июле 1941 г. были отправлены в Новосибирск, а библиотека Пушкина – в Свердловск. В течение 1944–1945 гг. все фонды были возвращены из эвакуации.

Т. И. Краснобородько